अमृता खानविलकर तिच्या वैयक्तिक आयुष्यामुळेही देखील अनेकदा चर्चेत राहिली आहे. अमृता खानविलकर हिने हिमांशू मल्होत्रासोबत लग्नगाठ बांधली आहे. मात्र, अमृता कधीच पती हिमांशू मल्होत्रासोबत फोटो शेअर करत नाही, यावर तिला बरेच जण प्रश्न विचारताना दिसतात. आता आपण नवऱ्याबरोबर फारसे फोटो का शेअर करत नाही, यावर अमृता खानविलकर बोलली आहे. या मुलाखतीत बोलताना अमृता म्हणाली की, ‘मला नेहमी वाटते आमचे सगळे चाहते हे आमच्या कुटुंबाचा एक भाग आहेत. यातही काही लोकांना तुम्ही आवडता, तुमच्या गोष्टी पटतात. पण, काही लोक असेही आहेत, ज्यांना तुम्ही आवडत नाही. असे लोक जोपर्यंत तुमच्या वैयक्तिक आयुष्यात ढवळा-ढवळ करत नाही, तोपर्यंत सगळं काही ठीक वाटतं.’
